Szybki rozwój południowej części naszego miasta Brzegu zrodził potrzebę starania się o nowy kościół i parafię. W latach osiemdziesiątych XX wieku, Proboszcz parafii p.w. św. Mikołaja, ks. Zbigniew Bąkowski, poddał myśl kardynałowi Henrykowi Gulbinowiczowi budowy nowego kościoła na terenie Brzeg Południe ze względu na rozległość parafii św. Mikołaja i Podwyższenia Krzyża Świętego oraz dużą liczebność wiernych należących do wyżej wymienionych parafii.
Ks. Kardynał po dokładnym rozpatrzeniu sprawy i wysłuchaniu różnych opinii, mając na uwadze potrzeby duszpasterskie wiernych, przychylił się do tej propozycji i podjęto starania o uzyskanie pozwolenia na budowę nowego kościoła w Brzegu u władz państwowych, które uzyskano w marcu 1981 r. Wierni tę decyzję przyjęli z radością, gdyż ich pragnienie zyskało szansę realizacji.
Budowę kościoła rozpoczęto 13 sierpnia 1983 roku, kiedy to został poświęcony plac pod przyszły kościół. Fundatorami nowego kościoła byli głównie parafianie z Brzegu, brzeskie zakłady pracy oraz sąsiednie Parafie. Wykonanie planów świątyni powierzono architektowi Markowi Dziekońskiemu.
Do pracy duszpasterskiej na nowej placówce został skierowany inicjator tego pomysłu ks. Prałat Zbigniew Bąkowski. Dnia 20 listopada 1993 roku został wmurowany kamień węgielny pod budowaną nową świątynię, który został wyjęty z fundamentów Bazyliki św. Piotra i pobłogosławiony przez Ojca Świętego Jana Pawła II w dniu 18 lipca 1984 roku.
Dekretem z dnia 27 czerwca 1992 roku Arcybiskup ks. Kard. Henryk Gulbinowicz erygował nową parafię p.w. Miłosierdzia Bożego, wydzielając jej terytorium z parafii św. Mikołaja i Podwyższenia Krzyża Świętego oraz mianował pierwszym proboszczem tejże parafii ks. Prałata Zbigniewa Bąkowskiego, który pełnił tę funkcje do 25 czerwca 2001 roku, kiedy to ze względu na stan zdrowia zrezygnował z pełnionej funkcji.
W dniu 21 listopada 1993 roku plebania i kościół zostały poświęcone, którego dokonał J. Em. ks. Kard. Henryk Gulbinowicz, co umożliwiło prowadzenie regularnego duszpasterstwa. Uroczysta intronizacja obrazu Miłosierdzia Bożego odbyła się w dniu 6 kwietnia 1997 roku. Obraz ufundowali górnicy z Jastrzębia. W dniu 19 grudnia 1999 roku ks. Kardynał Henryk Gulbinowicz dokonał konsekracji dzwonów na wieży dzwonniczej.
Po zrezygnowaniu z probostwa przez ks. Prałata Zbigniewa Bąkowskiego, nowym proboszczem parafii, a drugim w jej historii, został ks. Kanonik Eugeniusz Bojakowski, pracujący dotychczas w parafii Szewce.
Doprowadził On do końca wystrój wewnątrz kościoła, zakończył wszystkie prace artystyczne z tym związane i zdołał doprowadzić do uroczystej konsekracji kościoła, której dokonał Arcybiskup ks. Marian Gołębiewski, 27 października 2011 roku.
Niedługo po tym, w listopadzie 2011 roku, ks. Proboszcz przeżył udar mózgu, który spowodował u niego zaburzenie mowy. Z przyczyn zdrowotnych nie mógł juz pełnić funkcji Proboszcza, więc Arcybiskup ks. Marian Gołębiewski ustanowił nowego ks. Proboszcza, a ks. Kanonika Eugeniusza Bojakowskiego ustanowił rezydentem na parafii.
Nowym księdzem Proboszczem został ks. Marcin Czerepak, który objął funkcję Proboszcza od dnia 14 lutego 2012 roku.